Активная позиция Комитета реализуется через одну из его функций - государственный контроль. В Комитете, в соответствии с установками МПР РФ, с октября 2000 года действует отдельное структурное подразделение - отдел государственного контроля в количестве 15 человек. Руководит работой отдела - начальник, который наделен инспекторскими полномочиями по четырем направлениям контроля. В отделе  семь специалистов разных категорий от заместителя начальника отдела до ведущих специалистов областного уровня, организуют и осуществляют госконтроль по направлениям:
        Два - геолконтроль, два - лесоконтроль, два - экоконтроль, один -водоконтроль;
        Семь специалистов отдела зонального уровня осуществляют все основные направления контроля
на территориях регионов области.
        Контрольная деятельность отдела организована на принципах сохранения специализации по основным направлениям госконтроля в сочетании с тесным взаимодействием специалистов внутри отдела.
        Правовой основой для специализации служат отраслевые законы природоохранного блока и действующие Положения о госконтроля по направлениям, для взаимодействия комплексный Закон - Закон РСФСР "Об охране окружающей природной среды".